home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / abacus048.readme < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-04-27  |  2.5 KB  |  59 lines
  1. Short:    ABaCUS 0.48 for AMIGA
  2. Author:   peru@maya.dei.unipd.it (Steve Peruzzi)   
  3. Uploader: peru@maya.dei.unipd.it (Steve Peruzzi)
  4. Type:     misc/sci
  5.  
  6. WHAT IS ABACUS?
  7.  
  8. ABaCUS is a no-frills program developed to investigate the significance of
  9. the putative correspondence between exons and units of protein structure.
  10. This type of analysis takes the form of an attempt to eliminate the
  11. reference hypothesis (sometimes called a "null" hypothesis) that no
  12. correspondence exists.  A reference hypothesis in this case consists of a
  13. reference model for random gene structures, and a scoring rule for
  14. quantifying correspondences.
  15.  
  16. ABaCUS creates and reads files containing observed data supplied by the
  17. user, then uses this information to generate reference genes according to
  18. one of several available models.  The observed and reference genes are then
  19. scored according to a correspondence rule designated by the user, and the
  20. scores are compared in order to determine whether the reference hypothesis
  21. (i.e., no correspondence) can be rejected.
  22.  
  23. This program may be useful in your research if you are studying the origin
  24. and evolution of intron-containing genes.
  25.  
  26. This is the porting for AMIGA, and has been compiled with SAS-C V6.51.
  27. To run simply open a SHELL and type ABACUS, for infos on using ABACUS
  28. read the manual ABACUS.HLP. This archive includes also a PDB file for
  29. a tutorial: a cytochrome C from rice embryos (read the manual).
  30.  
  31. Thanx to
  32.  
  33.  Dr. Arlin Stoltzfus and Dr. David Spencer
  34.  Canadian Institute for Advanced Research, Dalhousie University
  35.  
  36. for this excellent tool.
  37.  
  38.  Steve Peruzzi
  39.  peru@maya.dei.unipd.it
  40.  University of Padua, ITALY
  41.                          
  42.  
  43.  
  44. ============================= Archive contents =============================
  45.  
  46. Original  Packed Ratio    Date     Time    Name
  47. -------- ------- ----- --------- --------  -------------
  48.     1188     548 53.8% 06-Mar-95 11:50:24  ABaCUS.info
  49.    75028   38346 48.8% 06-Mar-95 11:49:56  ABaCUS/abacus
  50.    75587   28535 62.2% 06-Mar-95 11:50:04  ABaCUS/abacus.hlp
  51.     4653     748 83.9% 06-Mar-95 11:50:24  ABaCUS/abacus.hlp.info
  52.     1755     599 65.8% 06-Mar-95 11:50:24  ABaCUS/abacus.info
  53.    77635   20826 73.1% 06-Mar-95 11:49:50  ABaCUS/pdb1ccrs.txt
  54.     1816    1011 44.3% 06-Mar-95 11:50:54  ABaCUS/pdb1ccrs.txt.info
  55.     1665     849 49.0% 06-Mar-95 11:49:52  ABaCUS/readme.txt
  56.     1816    1011 44.3% 06-Mar-95 11:51:02  ABaCUS/readme.txt.info
  57. -------- ------- ----- --------- --------
  58.   241143   92473 61.6% 07-Mar-95 19:03:26   9 files
  59.